En la Segunda División ha participado en cuatro ediciones. Ocupa el vigesimoprimer puesto en la Clasificación histórica de la primera división española de fútbol entre los sesenta y tres clubes participantes en alguna ocasión en la máxima categoría del fútbol español. Sin embargo, tres nuevas derrotas consecutivas le cuestan el puesto a Palomeque, que es cesado el 5 de noviembre. Desde la pretemporada 2011/12 se puede apreciar un pequeño cambio cromático en el logo, que ahora presenta colores y trazos más difuminados. Málaga Club de Fútbol, S. A. D.: (1994-Act.) Referéndum, cambio de denominación y conversión del CA Malagueño en una Sociedad anónima deportiva. Sus actuaciones en este modesto club atrajeron la atención de ojeadores donostiarras para jugar en la Real -en el caso de Alonso- y catalanes, para jugar en el FC Barcelona -en el caso de Arteta-. ↑ Se incluyen dentro de este trofeo las distintas denominaciones del mismo (Trofeo Granada, Trofeo Ciudad de la Alhambra, Trofeo Ciudad de Granada, Trofeo Granada-Alhambra y Trofeo Los Cármenes).
Club Atlético Malagueño: (1948-94) El antiguo equipo filial, nuevo titular malaguista tras la liquidación del CD Málaga. El Atlético Malagueño es el equipo filial del club. En cuanto al panorama internacional, el club ha participado en la máxima competición continental, la Liga de Campeones de la UEFA durante la temporada 2012-13, siendo el undécimo club español en hacerlo. Así mismo, el Málaga CF está en el puesto 162 de la clasificación histórica de la Liga de Campeones de la UEFA de sus 513 participantes históricos. El equipo concluyó cuarto en la liga, por lo que accedió a disputar la fase previa de la Liga de Campeones. Lo tiene todo y somos muy afortunados de contar con él en el equipo y en el club. Siempre quedará la duda de a dónde hubiera llegado este equipo si Jordan no se hubiera retirado. A día de hoy este himno continúa siendo el oficial para el Málaga Club de Fútbol.